Cách phân loại hiện đại cố gắng xác định loài là gì?
Để khắc phục sự không chắc chắn này, việc phân loại vi khuẩn hiện đại nhấn mạnh đến hệ thống phân tử, sử dụng các kỹ thuật di truyền như xác định tỷ lệ guanine cytosine, lai gen-gen, cũng như giải trình tự các gen chưa trải qua quá trình chuyển gen rộng rãi, chẳng hạn như gen rRNA.