Chương trình này đã được trao Huân chương Công nghệ và Đổi mới Quốc gia.
Cuối năm 2009, chương trình siêu máy tính Blue Gene của IBM đã được Tổng thống Hoa Kỳ Barack Obama trao tặng Huân chương Công nghệ và Đổi mới Quốc gia.