Điểm nổi bật của vương cung thánh đường và thường được coi là tác phẩm của Giotto trẻ tuổi, Cuộc đời của Thánh Phanxicô (1296-1304) được tôn vinh một cách cảm động trong 28 cảnh dọc theo tầng dưới (bắt đầu từ cánh ngang bên phải), trong khi 32 bức bích họa ở tầng trên minh họa cảnh trong Cựu Ước và Tân Ước.
Ở cả hai tầng đều có các tác phẩm nghệ thuật miêu tả cảnh vật.