Phương pháp phân tích rủi ro cụ thể được sử dụng có thể khác nhau tùy theo cơ quan vì sự khác biệt trong nhiệm vụ của các cơ quan và khó khăn trong việc ấn định mức độ rủi ro về mặt định tính và định lượng.
Phương pháp phân tích rủi ro được sử dụng là khác nhau đối với mỗi cơ quan.