San Juan cũng trở thành trung tâm truyền giáo của Giáo hội Công giáo về Thế giới Mới; Nhiều nhà thờ, tu viện và tu viện đã được thành lập trên khắp hòn đảo để hỗ trợ nỗ lực này.
Đạo Công giáo vẫn chưa đến được Puerto Rico.