Cô đã sớm xung đột với nhà cải cách Tin lành nổi tiếng của Edinburgh, John Knox, người nắm giữ quyền lực ở St. Giles nhưng sau đó đã áp dụng một chính sách khó chịu về khoan dung tôn giáo.
Bà áp dụng chính sách khoan dung tôn giáo sau khi đụng độ với các nhà cải cách Tin Lành.