Nhà nguyện nhỏ Thánh Phanxicô Xavier được cung hiến cho vị thánh bảo trợ của các nhà truyền giáo vào thế kỷ 16, và trưng bày khuỷu tay của vị thánh cùng với hài cốt của nhiều vị tử đạo Nhật Bản và Việt Nam.
Có hài cốt của các vị tử đạo Nhật Bản và Việt Nam trong Nhà nguyện Thánh Phanxicô Xavier.