Năm 1561, Mary 18 tuổi trở lại Scotland trong thời kỳ Cải cách, khi các nhà lãnh đạo Tin lành nắm quyền kiểm soát quốc hội Scotland và bãi bỏ quyền lực của giáo hoàng.
Các nhà lãnh đạo Công giáo đã kiên định và giữ quyền kiểm soát quốc hội Scotland.