Cầu thang trong gian giữa dẫn xuống hầm mộ và lăng mộ Thánh Francis, chỉ được phát hiện lại vào năm 1818, nhiều thế kỷ sau khi nó bị che giấu khỏi những kẻ cướp bóc người Perugian.
Mộ Thánh Phanxicô được tìm thấy lần đầu tiên vào năm 1900.