Nhà nguyện nhỏ Thánh Phanxicô Xavier được cung hiến cho vị thánh bảo trợ của các nhà truyền giáo vào thế kỷ 16, và trưng bày khuỷu tay của vị thánh cùng với hài cốt của nhiều vị tử đạo Nhật Bản và Việt Nam.
Xương khuỷu tay là di vật duy nhất còn sót lại của Thánh Phanxicô Xavier.