Tuy nhiên vào năm 1356 1339 trước Công nguyên. một Pharaoh mới, Amenophis IV, quyết định rời Thebes và cùng với vợ là Nefertiti, thành lập một thủ đô mới trên một địa điểm còn trinh nguyên ở Tell El Amarna ở phía bắc.
Amenophis IV là Pharaoh mới đã kết hôn với Isis.