FEMA cũng phải đối mặt với những thách thức đặc biệt liên quan đến nhiệm vụ, bao gồm cung cấp phản hồi kịp thời cho các yêu cầu viện trợ thiên tai, ngăn ngừa hoặc giảm thiểu tác hại và tổn thất từ ​​các thảm họa trong tương lai thông qua các nỗ lực giảm nhẹ hiệu quả về mặt chi phí và hợp tác hiệu quả với các chương trình khác của liên bang, tiểu bang và địa phương.
FEMA gần đây đã hoàn thành tất cả các nhiệm vụ của mình và do đó không còn thách thức nào nữa.