Vương cung thánh đường San Francesco trên thực tế là hai nhà thờ, nhà thờ này nằm trên nhà thờ kia, được xây dựng trên ngôi mộ đơn sơ của vị thánh trong hầm mộ.
Vương cung thánh đường San Francisco được xây dựng trên khu mộ của người da đỏ.