Vương cung thánh đường phía dưới được khởi công vào năm 1228, hai năm sau cái chết của Đức Phanxicô và năm phong thánh của ông, và những bức bích họa được vẽ vào thế kỷ 14, nhưng một mái hiên thời Phục hưng hiện nằm trước lối vào bên kiểu Gothic.
Vương Cung Thánh Đường Hạ được hoàn thành ba năm trước khi Đức Phanxicô qua đời.