Năm 1565, bà kết hôn với người em họ trẻ tuổi Henry, Lãnh chúa Darnley, khiến Elizabeth vô cùng thất vọng (Darnley là cháu trai của Margaret Tudor và do đó cũng có quyền đòi ngai vàng nước Anh).
Elizabeth không thích việc mình kết hôn với một thành viên trong gia đình.