Cuộc chạm trán lịch sử quan trọng tiếp theo của hòn đảo là với người Mông Cổ dưới thời Hốt Tất Liệt, khi Kyushu là mục tiêu của các cuộc tấn công thất bại vào năm 1274 và 1281.
Các mỏ khoáng sản lớn của Kyushu khiến nơi đây trở thành mục tiêu của Hốt Tất Liệt.