Được ủy quyền vào năm 1597 bởi Valide Sultan Safiye, mẹ của Mehmet III, nó không được hoàn thành cho đến năm 1663, khiến Yeni Camii trở thành nhà thờ Hồi giáo cổ điển trẻ nhất ở Istanbul.
Phải mất rất nhiều thời gian để xây dựng nhà thờ Hồi giáo vì đất đã bị tàu lượn siêu tốc chiếm giữ.