Santorini trông giống hệt như nhiều hòn đảo khác ở Cyclades cho đến khoảng năm 1500 trước Công nguyên. , khi một vụ phun trào lớn của núi lửa đã cuốn toàn bộ phần bên trong hòn đảo vào bầu khí quyển, làm thay đổi khí hậu trái đất trong nhiều năm sau đó.
Santorini luôn trông giống như tất cả các hòn đảo khác, ngọn núi là một ngọn núi lửa nhưng nó không hoạt động.