Năm 1561, Mary 18 tuổi trở lại Scotland trong thời kỳ Cải cách, khi các nhà lãnh đạo Tin lành nắm quyền kiểm soát quốc hội Scotland và bãi bỏ quyền lực của giáo hoàng.
Khi Mary trở lại Scotland, cô mới chỉ là một thiếu niên.