Nhưng nhiệm kỳ thứ hai của bà bị bủa vây bởi các vấn đề bất ổn trong khu vực, đáng chú ý nhất là ở Assam ở khu vực đông bắc đất nước, nơi các vụ thảm sát địa phương khiến 3.000 người thiệt mạng, và ở Punjab, nơi các chiến binh người Sikh tổ chức các cuộc biểu tình bạo lực để đòi quyền tự chủ lớn hơn và thậm chí là độc lập.
Nhiệm kỳ thứ hai của bà gặp nhiều vấn đề, từ thảm sát đến biểu tình bạo lực.