Thật không may, vương cung thánh đường là công trình kiến ​​trúc bị hư hại nặng nề nhất trong vùng trong trận động đất năm 1997, có tâm chấn nằm ngay bên ngoài Assisi.
Trận động đất vào cuối những năm 90 đã làm hư hại vương cung thánh đường.