San Juan cũng trở thành trung tâm truyền giáo của Giáo hội Công giáo về Thế giới Mới; Nhiều nhà thờ, tu viện và tu viện đã được thành lập trên khắp hòn đảo để hỗ trợ nỗ lực này.
Giáo hội Công giáo có sự hiện diện ở San Juan, Puerto Rico.