Cầu thang trong gian giữa dẫn xuống hầm mộ và lăng mộ Thánh Francis, chỉ được phát hiện lại vào năm 1818, nhiều thế kỷ sau khi nó bị che giấu khỏi những kẻ cướp bóc người Perugian.
Ngôi mộ của Thánh Francis được cho là đã bị thất lạc trong nhiều năm.