Tuy nhiên, vào năm 1009, các nhà thờ đã bị phá hủy bởi Caliph (người cai trị Ả Rập) cuồng tín, và vào năm 1071, người Thổ Nhĩ Kỳ Seljuk đã chiếm Jerusalem và bắt đầu tấn công những người hành hương theo đạo Cơ đốc.
Những người theo đạo Cơ đốc sống yên bình ở Jerusalem từ năm 1000 trở đi.