Nhận thấy Cơ đốc giáo là mối đe dọa đối với chính quyền trung ương của mình, Hideyoshi đã đàn áp một cách có hệ thống các hoạt động của Cơ đốc giáo; năm 1597 sáu nhà truyền giáo và 20 người Nhật cải đạo bị đóng đinh tại Nagasaki.
Hideyoshi coi Cơ đốc giáo là một vấn đề để duy trì quyền lực của mình, và do đó đã đàn áp chúng bằng các vụ hành quyết.