Ngoài việc trở thành một trung tâm thương mại phương Tây, Nagasaki còn tạo một chỗ đứng vững chắc ở Nhật Bản cho Giáo hội Công giáo ngày nay đã hồi sinh nhiều sau 250 năm bị đàn áp tàn bạo dưới thời các tướng quân Tokugawa.
Hầu hết cư dân địa phương ở Nagasaki đều chuyển sang đạo Công giáo.