Naiku (Đền bên trong) là ngôi đền quan trọng hơn trong hai ngôi đền vì nó thờ Amaterasu, Nữ thần Mặt trời và vị thần tối cao của Thần đạo.
Naiku không quan trọng khi xét đến các đền thờ và không được thờ cúng bất kỳ vị thần nào.