Morgan qua đời vào năm 1588 trước khi nhiệm vụ của ông hoàn thành, nhưng thiên nhiên đã hoàn thành những gì ông đã khiến Jamaica phải hứng chịu một trận động đất mạnh vào năm 1692, và Port Royal chìm xuống biển, mang theo nhiều kho báu bị đánh cắp từ người Tây Ban Nha.
Anh ta chết trước khi hoàn thành nhiệm vụ của mình.