Ngay cả sau cuộc đàn áp và trục xuất các nhà truyền giáo cũng như lệnh cấm Kitô giáo, người Công giáo ở Nagasaki vẫn gặp nguy hiểm lớn khi tiếp tục tuân thủ bí mật trong suốt những năm dưới thời Mạc phủ Tokugawa.
Các nhà truyền giáo bị bách hại và trục xuất.