Ngoài việc trở thành một trung tâm thương mại phương Tây, Nagasaki còn tạo một chỗ đứng vững chắc ở Nhật Bản cho Giáo hội Công giáo ngày nay đã hồi sinh nhiều sau 250 năm bị đàn áp tàn bạo dưới thời các tướng quân Tokugawa.
Nagasaki vừa là trung tâm thương mại của phương Tây, vừa là chỗ đứng của Giáo hội Công giáo.