Những người vẽ bản đồ thế kỷ 16 ở Tây Ban Nha đã nhầm lẫn giữa các tên gọi, nên cuối cùng cảng trở thành San Juan và toàn bộ hòn đảo được gọi là cảng giàu có; một khi có trên bản đồ, những cái tên bị mắc kẹt.
Hòn đảo ban đầu có tên là Puerto Rico nhưng được đổi tên thành San Juan vào năm 1963.