Phòng ba được dành cho cái gọi là thời kỳ dị giáo trong lịch sử Ai Cập khi Akhenaten thành lập một tôn giáo chỉ dựa trên một vị thần và thành lập thủ đô tại Tell el Amarna ở miền trung Ai Cập.
Phòng 3 dành riêng cho lịch sử của thời kỳ dị giáo nơi tôn giáo dựa trên một vị thần rất phổ biến.