Engakuji, được thành lập vào năm 1282, trở thành tu viện quan trọng thứ hai trong nhóm tu viện được gọi là Gozan (Năm ngọn núi), một hệ thống phân cấp được thành lập vào thế kỷ 14 cho các ngôi chùa Thiền dưới sự bảo trợ chính thức của Mạc phủ.
Mạc phủ không tin vào tu viện.